Οι ακόλουθες ενότητες περιέχουν πληροφορίες σχετικά με πακέτα λογισμικού τα οποία έχουν υποστεί σημαντικές αλλαγές για το Fedora Core 6. Για ευκολότερη πρόσβαση είναι γενικώς οργανωμένες χρησιμοποιώντας τις ίδιες ομάδες που εμφανίζονται στο σύστημα εγκατάστασης.
Τα παρακάτω πακέτα έχουν χωριστεί σε διαφορετικά πακέτα για να αυξηθεί η απόδοση και η συντηρησιμότητα όπως έχει σημειωθεί:
gnome-utils
beagle, το οποίο δεν εξαρτάται πια από το Evolution
evince, το οποίο δεν εξαρτάται πια από το Nautilus
NetworkManager, το οποίο δεν εξαρτάται πια από τα bind και caching-nameserver
Το πακέτο php έχει χωριστεί για να ξεχωρίσει το πρόγραμμα γραμμής εντολών από το εκτελέσιμο CGI.
Μια νέα έκδοση του e2fsprogs συμπεριλαμβάνεται σε αυτή την έκδοση κι έχει ένα αριθμό από διορθώσεις σφαλμάτων. Το χαρακτηριστικό ext2online έχει ενωθεί με το resize2fs, έτσι το πρόγραμμα ext2online έχει αφαιρεθεί από αυτό το πακέτο.
Το Fedora Project Board εφάρμοσε ένα έλεγχο αδειών χρήσης για να βεβαιωθεί ότι όλο το λογισμικό που περιέχεται στο Fedora Core είναι συμβατό με τις οδηγίες αδειών χρήσης πακέτων. Αυτή η διεργασία έχει τώρα ολοκληρωθεί και είχε ως αποτέλεσμα τις εξής αλλαγές:
Το πακέτο openmotif έχει αφαιρεθεί λόγω μη ελεύθερης άδειας χρήσης. Πακέτα λογισμικού που εξαρτώταν από τη βιβλιοθήκη openmotif έχουν ξαναχτιστεί για να χρησιμοποιούν τη βιβλιοθήκη lesstif.
Το πακέτο macutils έχει αφαιρεθεί λόγω μη ελεύθερης άδειας χρήσης.
Το πακέτο ckermit έχει αφαιρεθεί λόγω μη ελεύθερης άδειας χρήσης.
Το πακέτο cleanfeed έχει αφαιρεθεί λόγω μη ελεύθερης άδειας χρήσης.
Το πακέτο aspell-nl έχει τροποποιηθεί ώστε να περιέχει δεδομένα υπό την άδεια χρήσης GPL.
Το πακέτο crypto-utils έχει τροποποιηθεί ώστε να αντικατασταθεί κώδικας υπό την άδεια χρήσης PGP με νέο κώδικα υπό την άδεια χρήσης GPL.
Το πακέτο netpbm έχει τροποποιηθεί ώστε να αφαιρεθούν όλα τα αρχεία χωρίς άδεια χρήσης από το tarball του πηγαίου κώδικα.
Η διαδικασία παραγωγής κεφαλίδων πυρήνα έχει τροποποιηθεί, το οποίο παρέχει πολλά πλεονεκτήματα, μεταξύ των οποίων ευκολότερη συντήρηση και συνέπεια.